新疆军区总医院于1949年整编建院,经过长期发展建设,已成为一所集医疗、科研、教学、预防、保健为一体的大型综合现代化医院,肩负着驻疆部队官兵医疗保障、遂行域内各项军事行动卫勤保障的光荣职责,并服务新疆各族人民。在新时期强军改革中,医院编制和管理体制转型重塑、焕新起航,医疗力量空前壮大,保障范围跨越天山南北、辐射藏北高原。
医院是自治区、乌鲁木齐市和新疆生产建设兵团医保、铁路医保定点医疗机构,妇产科被表彰为全国"三八"红旗集体。医院持续推进军民共建"美好精神家园",开展专家医疗队巡诊义诊,"一对一"捐资助学"、"圆声梦"耳蜗资助、"爱心•复明"工程和卫生援疆"儿童先心病诊治"等活动,受到各界广泛赞誉。医院是"自治区级文明单位",多次被自治区评为"最满意医疗机构"和乌鲁木齐市"患者最满意医院"。在乌鲁木齐举办的"风尚之巅”行业评选活动中,荣获"最受百姓信赖的公立医院"和"年度健康行业创新企业”两项殊荣,在"新疆我的家”微信公众平台开展的民意调查中,被评为乌鲁木齐市民最满意的三甲医院,被健康报社评为"中国百姓最受消费者信赖的健康管理（体检）机构”。
